Daneben werden eine Unzahl von Spezialprojekten durchgeführt. Das Max-Planck-Insitiut für Limnologie hat ebenfalls eine Forschungseinrichtung auf dem Gelände der INPA, in der überwiegend die Überschwemmungsgebiete untersucht werden. Den Mitarbeitern und Forschern des INPA stehen wertvolle Sammlungen zur Verfügung: Ein Herbarium mit mehr als 200.000 Pflanzenarten, darunter 13.000 aus Amazonien, umfangreiche Sammlungen von wirbellosen Tieren, Vögeln und Säugetieren, darunter die weltgrösste Sammlung von Wassersäugetieren im Amazonas.

Das Institut verfügt über ca. 100.000 Fischarten und beherbergt gleichzeitig die weltgrösste Fischsammlung des brasilianischen Amazonas. Daneben gibt es noch eine Reptilien- und Amphibiensammlung und über 10.000 Muster von 3.000 Baumarten des Amazonas. Im Bosque da Ciência, dem Wissenschaftswald, kann der Besucher sich einige der erforschten Tiere und Pflanzen ansehen, wie z.B. Kaimane, Süsswasser-Seekühe, Flussotter oder auch die Bienen ohne Stachel. Der Wissenschaftswald, der auch als Naherholungsgebiet dient, führt durch das Hauptgelände des Instituts. Am Wegesrand stehen Beschreibungen und Informationen zu den verschiedenen Pflanzen- und Tierarten. Auch ausserhalb der Gehege gibt es eine Menge Lebewesen zu entdecken: Insekten krabbeln über den Weg, Schmetterlinge verschiedenster Arten flattern neben den Besuchern, Papageien und Affen sitzen oder hängen in den Bäumen.

Auf dem Gelände befindet sich auch das Casa da Ciência. Hier werden Exponate und Informationen über die laufenden Forschungsarbeiten ausgestellt. Ist der Wissensdurst einmal gestillt, kann man sich in einem Selbstbedienungsrestaurant einfache Gerichte, Snacks, Salate und Getränke kaufen. Die Öffnungszeiten des INPA sind dienstags bis freitags von 9.00 bis 12.00 Uhr und von 14.00 bis 16.00 Uhr, samstags und sonntags durchgehend von 9.00 bis 16.00. Der Eintritt beträgt 4 USD.